Het einde van de onafhankelijkheid van Hongarije kwam rond het midden van de 16e eeuw met de veroveringen van het Ottomaanse rijk. Op 29 augustus 1526 versloeg sultan Suleyman I bij Mohács (er is daar een monument sinds 1976) koning Ludwig II van Bohemen en Hongarije, die verdronk tijdens de vlucht. Het grootste deel van Hongarije kwam onder Turkse heerschappij, waarbij de niet-veroverde delen ofwel onder Habsburgse heerschappij kwamen als Koninklijk Hongarije (inclusief westelijk Opper-Hongarije) of gescheiden van Hongarije en onder Ottomaanse heerschappij werden geplaatst als het Prinsdom Transsylvanië.
Na 145 jaar Turkse bezetting van Hongarije viel Buda na de tweede belegering in 1686, en de Habsburgers veroverden nu heel Hongarije. De Hongaren keurden hun harde heerschappij af, zodat er van 1703 tot 1711 de Kuruc-opstand plaatsvond onder prins Franz II Rákóczi, een edelman uit Transsylvanië. Aangezien de spanningen tussen de Hongaarse adel en het Weense hof niet konden worden opgelost, werden ze (na kennelijk minnelijke onderhandelingen en concessies van de keizer aan de Hongaren) gelost in de revolutie van 1848/49, die met de hulp van Rusland (met verwijzing naar de ‘ Holy Alliance ”) werd bloedig onderdrukt, wat het klimaat in de monarchie permanent verslechterde.
Na aanhoudende onrust in het land, werd Hongarije een gelijk deel van de Oostenrijks-Hongaarse Dubbelmonarchie door het Oostenrijks-Hongaarse compromis van 1867. Franz Joseph I noemde zichzelf nu de apostolische koning van Hongarije (hij werd gekroond in Buda) en keizer van Oostenrijk (tot dan was de Hongaarse koninklijke titel ondergeschikt aan de keizerlijke titel). Deze personele unie, de jure opgericht door de pragmatische sanctie, werd een echte unie door identieke Oostenrijkse en Hongaarse basiswetten met betrekking tot buitenlands beleid en het leger, evenals de financiering ervan. Een vrijwillige douane- en vakbond volgde, de gulden en later de kroonvaluta bleven gangbaar (Oostenrijks-Hongaarse bank). Ferenc Deák en graaf Gyula Andrássy speelden een leidende rol in het succes van de gelijkmaker voor de Hongaarse kant. De Hongaarse “helft van het rijk” (zoals ze graag zeiden in het keizerlijke Oostenrijk; Hongarije wilde de term rijk niet voor de dubbele monarchie) omvatte de landen van het Koninkrijk Kroatië en Slavonië (in wezen de huidige staat Kroatië zonder Dalmatië), Vojvodina, een groot deel van Roemenië (Transsylvanië in bredere zin en wat nu het Roemeense deel van de Banat is) evenals kleine delen van Polen en Oekraïne (Karpaten Oekraïne). Als gevolg hiervan was er een aanzienlijke economische opleving in het land en vooral in de hoofdstad, wat niet in de laatste plaats tot uiting kwam in de millenniumvieringen van de Magyaarse verovering en de Millenniumtentoonstelling in Boedapest in 1896.
De multi-etnische staat van het Koninkrijk Hongarije werd echter gekenmerkt door interne spanningen (inspanningen om onafhankelijkheid te bereiken door de niet-Magyaarse volkeren, nationaliteitsconflicten in de loop van het Magyariseringsbeleid). De leidende rol bij de industrialisatie werd vaak gespeeld door vertegenwoordigers van minderheden (Duits-Oostenrijkers en joden) die meer geneigd waren tot vrijwillige magyarisering, maar dit gold niet voor de Slavische en Roemeense bevolking van de Hongaarse helft van het rijk. Dit bevorderde de vernietiging van de heterogene staatsstructuur na de verloren Eerste Wereldoorlog. De beslissingen van de zegevierende mogendheden leidden ertoe dat er in Tsjecho-Slowakije (nu in Slowakije), in Roemenië en in het Koninkrijk van Serviërs, Kroaten en Slovenen (tegenwoordig vooral in Servië) Hongaarse minderheden zijn als gevolg van het Verdrag van Trianon. Er bleven echter ook Slowaakse, Roemeense en Duitse minderheden in Hongarije.